Entry level identifiers
PDB에 존재하는 실험적으로 밝혀진 구조들은 네 자릿수의 alphanumeric identifier로 구분되고, 이를 PDB ID 라고 부른다.
단백질의 3차 또는 4차 구조들 뿐만 아니라 단백질과 약물이 결합된 형태, 단백질과 DNA가 결합된 형태, DNA double strand 등 다양한 형태의 구조들이 PDB에 등재되어 있다.
이 PDB ID는 Group ID 라는 다른 ID도 가지며, 출판된 논문의 id에 따라 PubMed ID를 가지고 있는 경우도 있다. Electron microscopy를 통해 규명된 구조의 경우, EMDB ID도 가진다.